Для проведения этой операции, нам понадобится небольшая утилита, скачать её можно здесь.

Разархивируйте скаченный файл в корневую директорию диска, с которым вы не будете производить никаких действий.

Откройте меню "Пуск", пункт "Выполнить", введите "cmd" и нажмите "Ок". 

В появившемся окне введите: "cd /d n:\", где n - это имя диска, на который вы разархивировали скаченную программу. Нажмите на "Enter".

Далее введите: "fat32format m:", где m - имя диска, у которого вы хотите изменить формат, нажмите "Enter", потом "Y".

Ждите завершения процесса!